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Santé, biologie et vieillissement
Plateforme Epitranscriptomique & Séquençage (EpiRNA-Seq)
Plateforme
La plateforme Epitranscriptomique et Séquençage (EpiRNA-Seq) est spécialisée et mondialement reconnue dans l'identification et la quantification des nucléotides modifiés au sein des ARN (Epitranscriptomique).
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Mme Virginie MARCHAND
Responsable scientifique de plateforme
Responsable technique de plateforme
9 avenue de la Forêt de Haye
54505 VANDOEUVRE-LES-NANCY
Offre de services
- Epitranscriptomique / Analyse des modifications des ARN : développement de techniques innovantes combinant la biologie moléculaire, la chimie des ARN et le séquençage à haut-débit pour identifier au nucléotide près les modifications post-transcriptionnelles (2'-O-methylations, 7-methyl-guanosines, 3-methyl-cytosines, dihydrouridines et pseudouridines) au sein des ARN, et étudier ainsi leurs fonctions cellulaires.
- Transcriptomique / RNA-Seq et miRNA-Seq : service de transcriptomique. Le transcriptome est défini comme l'ensemble des transcrits présents dans une cellule à un temps donné et dans des conditions définies. Le RNA-seq, utilisant le séquençage de nouvelle génération (NGS), est aujourd'hui une technique de choix proposée par la plateforme qui permet d'étudier de manière globale l'expression différentielle des gènes, les mécanismes d'épissage alternatif et les ARN non-codants (miRNA, lncRNA, etc).
- Préparation des échantillons / Extraction des ARN et contrôle qualité : prise en charge de l'étape d'extraction des ARN de vos échantillons, enrichissement en fonction de vos projets et contrôle qualité afin d'obtenir des résultats optimaux pour tous vos projets de séquençage.
- Séquençage de l'ADN génomique ou exome : service de séquençage de l'ADN (ADN génomique bactérien ou eucaryotique ou exomes humains avec enrichissement préalable).
- Transcriptomique / RNA-Seq et miRNA-Seq : service de transcriptomique. Le transcriptome est défini comme l'ensemble des transcrits présents dans une cellule à un temps donné et dans des conditions définies. Le RNA-seq, utilisant le séquençage de nouvelle génération (NGS), est aujourd'hui une technique de choix proposée par la plateforme qui permet d'étudier de manière globale l'expression différentielle des gènes, les mécanismes d'épissage alternatif et les ARN non-codants (miRNA, lncRNA, etc).
- Préparation des échantillons / Extraction des ARN et contrôle qualité : prise en charge de l'étape d'extraction des ARN de vos échantillons, enrichissement en fonction de vos projets et contrôle qualité afin d'obtenir des résultats optimaux pour tous vos projets de séquençage.
- Séquençage de l'ADN génomique ou exome : service de séquençage de l'ADN (ADN génomique bactérien ou eucaryotique ou exomes humains avec enrichissement préalable).
Prestations de services
Formation
Formation Epitranscriptomique (COST Epitran)
Compétences (autres services)
Savoir-faire technique et méthodologique reconnu permettant de contribuer à différents projets d'Epitranscriptomique pour aborder des questions scientifiques diverses telles que la dynamique des modifications post-transcriptionnelles dans les ARN, les variations d'expression des gènes, ou le profilage de petits ARN (miRNA).
Thématiques stratégiques
- Santé, biologie et vieillissement
Équipements
| Nom | Modèle | Marque | Objets d'études | Mise à disposition |
|---|---|---|---|---|
| APPAREIL DE SEQUENCAGE - Hiseq 1000 | Hiseq 1000/ | Illumina | Oui | |
| APPAREIL DE SEQUENCAGE - MiSeq - EpiRNA-Seq | MiSeq/ | Illumina | Oui | |
| APPAREIL DE SEQUENCAGE - Nextseq2000 | HDE/ | Open Edge | Oui | |
| ELECTROPHORESE AUTOMATISEE | TapeStation 4150/ | Agilent Technologies | Oui | |
| ELECTROPHORESE CAPILLAIRE - EpiRNA-Seq | Bioanalyzer 2100/ | Agilent Technologies | Oui | |
| SONICATEUR ADN - Ultrasonicateur M220 | Ultrasonicateur M220/ | Covaris | Oui | |
| SPECTROPHOTOMETRE | NanoDrop One/ | Ozyme | Oui | |
| SYSTEME AUTOMATISE D'ELECTROPHORESE | Pippin Prep/ | Sage sciences | Oui |
Établissements de rattachement
Pôle scientifique
Labellisations et certifications
Infrastructure europééenne de rattachement
- COST Epitran http://epitran.eu/
Infrastructure nationale de rattachement
- Réseau IBiSA http://www.ibisa.net/